Beaucoup de gens pensent que le corps humain est biologiquement stérile et que les microbes sont nos ennemis. Eh bien non. Que nenni.

Une question pour commencer : selon vous, pour 1 000 cellules humaines, combien de bactéries votre corps héberge-t-il ? Réfléchissez… encore un peu. Et… (roulement de tambour) la réponse la plus communément admise par les scientifiques est… 1000. Oui, autant de bactéries que de cellules humaines dans notre corps. Et ce chiffre ne concerne que les bactéries : il faut y ajouter les virus, les champignons microscopiques (le mycobiote) et même des archées. Ne vous jetez dans un bain de Javel pour autant ! Pas tout de suite en tout cas. Relativisons : cette joyeuse colonie de miasmes ne représente que quelques centaines de grammes, les cellules étant très petites, principalement localisées dans l’intestin. (springer, plos)

Dans l’intestin, bactéries, virus, champignons et archées nous veulent du bien

La flore intestinale, vous voyez l’idée ? Son nom chic, c’est le microbiote intestinal. Elle concentre des dizaines de milliers de milliards de micro-organismes (de 10¹³ à 10¹⁴). Et si l’envie vous venait de tout aseptiser façon « Léon nettoyeur », un conseil : évitez. Chez les animaux de laboratoire élevés sans microbiote, notamment les souris germ-free, les chercheurs observent des perturbations majeures de l’immunité, du métabolisme et du développement. Pas génial. (pubmed, pubmed, nature)

Un bric-à-bractéries de haute technicité

Ce microbiote sait faire des choses que notre métabolisme, tout seul, ferait très mal, ou pas du tout. Les bactéries y tiennent le premier rôle, mais certaines archées et certains champignons participent aussi à ce festival biochimique collectif. Ce gloubi-boulga microbien transforme par exemple certaines fibres alimentaires en acides gras à chaîne courte : acétate, propionate et butyrate. Ces molécules nourrissent les cellules de l’intestin, aident à maintenir la barrière intestinale, participent à l’équilibre métabolique et influencent positivement l’inflammation et l’immunité. Autrement dit, quand nous mangeons une pomme, une partie du travail utile est sous-traitée à des microbes. C’est ce qu’on pourrait appeler une brigade de cuisine biologique : quand l’humain apporte la graille, les microbes dégainent leurs ustensiles pour en tirer le meilleur. (nature, nature)

Le microbiote influence le cerveau et le système nerveux

L’intestin « parle » au cerveau. Cette conversation passe par des métabolites microbiens, des hormones, des voies immunitaires et aussi par le nerf vague, grande voie de dialogue entre le tube digestif et le système nerveux. Inutile, donc, de prétendre que « les bactéries contrôlent nos pensées » : elles ne vont pas rédiger votre prochain texto. En revanche, elles peuvent modifier le climat biologique dans lequel le cerveau fonctionne. Il est désormais bien établi qu’elles modulent ainsi des circuits liés au stress, à l’inflammation et au fonctionnement nerveux. (sciencedirect, nature, nature)

Pas ragoûtant mais très efficace

La transplantation de microbiote fécal (ou intestinal) – concept délicat à caser pendant les repas de famille – a d’ailleurs déjà montré une forte efficacité contre certaines infections graves, notamment liées à la bactérie Clostridioides difficile (taux de réussite supérieurs à 90%), à des bactéries multirésistantes ou au diabète. Et aussi pour certains troubles psychiques (dépression), mais les résultats ne sont que préliminaires et devront être confirmés. Ainsi que pour soutenir la mémoire et les fonctions cognitives, comme l’a révélé une méta-analyse publiée en mars 2026, portant sur 15 études et 4 275 participants de plus de 45 ans : les résultats sont prometteurs, mais encore hétérogènes. (gastro.org, afa.asso.fr, sciencedirect, sciencedirect)

Les microbes du bon côté de la force

Les microbes utiles participent aussi à l’apprentissage de notre système immunitaire. Dès le début de la vie, les interactions entre microbiote et immunité contribuent à apprendre au corps à distinguer ce qu’il faut tolérer de ce qu’il faut combattre. En parallèle, les microbes déjà installés occupent l’espace, consomment les ressources et produisent des molécules qui compliquent l’arrivée de nouveaux venus plus dangereux. Un microbiote équilibré fonctionne comme une barrière vivante contre les pathogènes. (nature, nature, nature)

À flore de peau (et de bouche et de vagin)

L’intestin n’a pas le monopole de la cohabitation utile. Sur la peau, les microbes interagissent avec notre barrière cutanée pour optimiser l’immunité locale. Certaines bactéries (Staphylococcus epidermidis notamment) contribuent à limiter l’implantation de microbes problématiques. La bouche, elle aussi, héberge des bactéries très serviables, capables de transformer les nitrates issus de l’alimentation en nitrites, étape clé d’une voie qui contribue à la production d’oxyde nitrique. Cette molécule joue un rôle important dans la physiologie vasculaire, notamment pour le tonus des vaisseaux sanguins et la pression artérielle. Quant au microbiote vaginal, il constitue lui aussi une ligne de défense majeure. Il est dominé par des lactobacilles qui produisent de l’acide lactique et maintiennent un pH acide, répulsif pour de nombreux agents pathogènes. Où que ce soit, quand l’équilibre homo-sapienso-microbien se rompt, le risque d’infection et d’inflammation augmente. (nature, pubmed, frontiersin)

Même les virus participent

Quand on dit « virus », on pense à la maladie, à la fièvre et aux souvenirs pénibles de triturations nasales peu agréables. Pourtant, notre corps abrite aussi un virome, particulièrement riche dans l’intestin. Il est composé en grande partie de bactériophages, des virus connus pour exploser les bactéries façon puzzle. Ces phages régulent les populations bactériennes, favorisent des échanges de gènes et participent ainsi à l’équilibre global du microbiote. (nature)

Notre ADN conserve les vieux dossiers

Déroutant : environ 8% du génome humain est constitué de séquences ADN héritées d’anciens virus, vitales pour notre reproduction et notre système immunitaire. Quant à la mitochondrie, cette petite centrale énergétique cellulaire fondamentale sans laquelle nous serions un tantinet mollassons, elle est bien issue d’une ancienne bactérie intégrée très tôt dans l’histoire du vivant. Oui, même à l’intérieur de nos cellules, la colocation dure depuis un bon bout de temps.

Conclusion

Le corps humain n’est ni stérile, ni assiégé : c’est un écosystème. Un assemblage vivant dans lequel cellules humaines et microbes coopèrent, se régulent, se concurrencent parfois, mais contribuent ensemble au fonctionnement général. Digestion, immunité, peau, circulation, système nerveux, reproduction : partout, la biologie humaine apparaît moins « pure » qu’on ne l’imaginait. Et c’est tant mieux. Nous ne sommes pas seuls ! 👀 Le microbe, meilleur ami de l’homme ? Disons : un colocataire indispensable, parfois pénible, mais globalement très utile.

Cet article actualise un précédent texte publié en 2012, qui affichait des chiffres bien supérieurs. Il ne s’agissait pas à l’époque d’une erreur du rédacteur (dont on taira tout de même le nom), mais d’un état des connaissances aujourd’hui largement dépassé par l’évolution des données scientifiques.